ClamWin Free Antivirus scant bestanden niet automatisch (telkens wanneer je een bestand bewerkt of opent). Je moet verdachte bestanden handmatig scannen voordat je het bestand opent. Vandaar dat ClamWin geen volledig automatische virus bescherming biedt en dus ook niet volledig integreert met de Windows XP ServicePack 2 Security Centre.

Dit zal veranderen wanneer de 'on-access' scan module wordt vrijgegeven. Het ClamWin team werkt daar momenteel hard aan.

Merk a.u.b. op dat wanneer je de MS Outlook email client gebruikt (niet MS Outlook Express) en de optie "Integration with Microsoft Outlook" selecteert bij de installatie, alle e-mails automatisch worden gescanned wanneer je ze opent.